新ルール「スキルバトル」は、設定した3人のキャラクターで「ぷよぷよ™」または「テトリス^®」のチームを組んで戦います。各キャラクターは、それぞれスキルを持っているため、好きなスキルを持つキャラクターでチーム編成が可能です。チームを組んだキャラクターのステータス合計がチームのステータスに反映されます。アドベンチャーモードの「スキルバトル」で戦うことでキャラクターのレベルをあげたり、アドベンチャーモードでドロップするアイテムカードを装備することでチームのステータスを強化することができます。

「スキルバトル」では、あらたに「HP」と「MP」が設定されます。「HP」はフィールド上部にあるオレンジ色のゲージです。通常は、「ぷよぷよ™」で赤色の“✕”まで積んでしまったり、「テトリス^®」で一番上まで積んでしまうと負けでしたが、「スキルバトル」では「HP」が残っていればフィールドがクリアされて、パズルを継続でき、HPがゼロになると負けとなります。ぷよぷよ™を消したり、テトリスでラインを消したりすると「おじゃまぷよ」や「おじゃまブロック」が相手のフィールドに飛んでいき、フィールドに落下するときにダメージを与えることで「HP」を減らします。
チームキャラクターの下にある緑のゲージが「MP」です。「MP」は、スキルを使うために必要になります。

アドベンチャーモードの「スキルバトル」で戦うことでキャラクターのレベルがあがり、ステータス強化やスキルの習得ができます。
ステータスには「HP」「MP」「こうげき」「ぼうぎょ」「かいふく」があります。「こうげき」「ぼうぎょ」はダメージに影響し、「かいふく」が高くなると「HP」と「MP」の自動回復が早くなります。
スキルにはオートスキルとスペシャルスキルがあります。オートスキルは、対戦開始時に自動で発動するスキルで、キャラクターごとに設定された各パラメータが上昇（攻撃〇〇%アップ、等）します。スペシャルスキルは対戦中に任意で発動するスキルです。キャラクターレベルがあがると、スキルを最大3つまで覚えることができ、好きなスキルを選ぶことが可能となります。

スキルバトルで使用できるアイテムカードは、1つのチームに対して4つまで装備することができます。アドベンチャーモードの「スキルバトル」をプレイして勝利すると、ランダムでドロップします。強い敵を倒したときはステータスアップ以外の効果を持つアイテムカードがドロップすることもあります。カードのパラメーターや付与される特殊効果はランダムなので、繰り返しアドベンチャーモードをプレイして強力なカードを集めることで、チームを強化することが可能です。

アイテムカードには「HP」「MP」「こうげき」「ぼうぎょ」「かいふく」の5つのタイプがあり、装備することでそれぞれ対応したパラメーターが上昇します。また、タイプに対応したパラメーターアップ以外に「とくしゅこうか」が付いていることがあります。「とくしゅこうか」では、タイプ以外のパラメーターアップをはじめ、「ぷよぷよ2連鎖攻撃力アップ」「テトリス2ライン消し攻撃力アップ」などのパラメーター以外のプラス効果もあります。
アイテムカードにはレベルがあり、レベルによって付与されるパラメーターの上限や付加される「とくしゅこうか」の種類や個数が上昇します。カードのレベルはキャラクターとは異なり獲得時に決定され、その後変わることはありません。